A principal diferença entre os três é o local em que as reservas de nutrientes são acumuladas. Enquanto em bulbos e tubérculos elas aparecem no caule do vegetal, nas tuberosas elas ficam nas raízes. Para entender melhor essa diferença, observe as três figuras acima.

A primeira imagem é uma raiz tuberosa, como a beterraba e a cenoura.
Nesse tipo de vegetal, os nutrientes se acumulam dentro da raiz, embaixo da terra, e o caule fica acima da superfície.

A segunda figura é de um tubérculo.
Ele se caracteriza por ter um caule subterrâneo em formato geralmente arredondado, com gemas, ou olhos, em reentrâncias, que é capaz de armazenar energia em forma de amido e inulina, entre outras substâncias. As raízes do tubérculo apenas fixam o vegetal ao solo, absorvem e conduzem água e nutrientes, sem acumulá-los. Um exemplo clássico de tubérculo é a batata.

A terceira imagem refere-se ao bulbo.
Como o tubérculo, ele também apresenta um caule subterrâneo, mas seu formato é bem diferente.
O caule do bulbo é reduzido a um disco basal ou a um eixo cônico achatado, denominado prato.
São exemplos de bulbo a cebola – composta de uma pequena parte mais dura em sua base, que corresponde ao caule (observe a imagem acima), e uma parte maior branca, formada pela sobreposição de estruturas foliares – e o alho – constituído de muitos bulbilhos, cada um com a mesma estrutura básica do bulbo.
As raízes desse vegetal também não acumulam nutrientes.