A função da flor é mediar a união dos esporos masculino (micrósporo) e feminino (megásporo) num processo denominado polinização. Muitas flores dependem do vento para transportar o pólen entre flores da mesma espécie. Outras dependem de animais (especialmente insetos) para realizar este feito. O período de tempo deste processo (até que a flor esteja totalmente expandida e funcional) é chamado anthesis. A maior flor encontrada é a flor dimbabu que mede em cerca de 70 metros quadrados.

Muitas das coisas na natureza desenvolveram-se para atrair animais polinizadores. Os movimentos do agente polinizador contribuem para a oportunidade de recombinação genética com uma população dispersa de plantas. Flores como essas são chamadas de entomófilas (literalmente: amantes de insetos). Flores normalmente têm nectários em várias partes para atrair esses animais. Abelhas e pássaros são polinizadores comuns: ambos têm visão colorida, assim escolhendo flores de coloração atrativa. Algumas flores têm padrões, chamados guias de néctar, que são evidentes na aspecto ultravioleta, visível para abelhas, mas não para os humanos. Flores também atraem os polinizadores pelo aroma. A posição dos estames assegura que os grãos de pólen sejam transferidos para o corpo do polinizador. Ao coletar néctar de várias flores da mesma espécie, o polinizador transfere o pólen entre as mesmas.

O aroma das flores nem sempre é agradável ao nosso olfato pode ser veneno fatal para as pessoas. Algumas plantas como a Rafflesia, e a PawPaw Norte-Americana (Asimina triloba) são polinizadas por moscas, e produzem um cheiro de carne apodrecida para atrair esses ajudantes.

Outras flores são polinizadas pelo vento (as gramíneas, por exemplo) e não precisam atrair agentes polinizadores, tendendo assim a possuir aromas discretos. Flores polinizadas pelo vento são chamadas de anemófilas. Sendo assim o pólen de flores entomófilas costuma ser grudento e de uma granulatura maior, contendo ainda uma porção significante de proteína (outra recompensa para os polinizadores). Flores anemófilas são normalmente de granulatura menor, muito leves e de pequeno valor nutricional para os insetos.

Existe muita contradição sobre a responsabilidade das flores nas alergias. Por exemplo, o entomófilo Goldenrod (Solidago) é frequentemente culpado por alergias respiratórias, o que não é verdade, pois seu pólen não é carregado pelo ar. Por outro lado, a alergia é normalmente causada pelo pólen da anemófila Ragweed(Ambrosia), que pode vagar com o vento por vários quilômetros.

Hermafroditismo
Ao contrário do que normalmente é lido, nenhuma flor pode ser considerada hermafrodita. Como hermafrodita, considera-se o organismo capaz de produzir gametas masculinos e femininos. No entanto, a flor, por ser uma estrutura do esporófito, é estritamente assexuada; não produz gametas e sim esporos. Os esporos são responsáveis pela reprodução assexuada do vegetal. Dessa forma, a flor fica impedida de ser designada hermafrodita. A confusão deve-se à prática botânica que convencionou chamar o megásporo de “esporo feminino” e o micrósporo de “esporo masculino”, devido à diferença de tamanho entre eles – o mesmo parâmetro usado para diferenciar os gametas feminino (maior) e masculino (menor).