As plantas de jardim interno, por estarem confinadas em ambiente restrito e quase isolado do exterior, requerem uma severa vigilância para debelar no início qualquer ataque de pragas ou doenças, as quais, proliferando rapidamente, em âmbito limitado, podem causar estragos desastrosos em curto espaço de tempo.

Geralmente os maiores problemas relacionam-se à infestação por fungos, propiciada pela umidade atmosférica elevada. Os fungos, quando não eliminados em tempo hábil, enfraquecem as plantas e, exaurindo-lhes as defesas, facilitam a instalação de outras doenças que podem ser fatais. Cumpre, portanto ao primeiro sinal de fungo, proceder-se à pulverização de fungicida eficiente, repetindo-se a dose até que seja sanado definitivamente o problema.

Pragas como as cochonilhas, pulgões ou lagartas também devem ser combatidas e eliminadas com presteza; utilizando-se para isso desde a catação manual até, em caso extremo, o emprego de inseticidas adequados a cada caso. Entretanto, o uso de tais produtos apresenta alto risco de intoxicação das pessoas, perdurando esses riscos mesmo decorridos alguns dias de sua aplicação. Fica pois o alerta: o ser humano pode ser o alvo mais direto desses produtos agrotóxicos que eliminando ou não os insetos e pragas, chegam a levar o homem à morte por choque anafilático. Existem métodos atóxicos para o homem e animais domésticos, sendo preferível a sua utilização quando se deseja eliminar pragas e doenças, apesar dos efeitos mais lentos.

Quando as condições oferecidas às plantas de um jardim interno forem adequadas e bem próximas das ideais, dificilmente ocorrerão o ataque de pragas e doenças ou a infestação por fungos.