O Bonsai é tão susceptível a pragas e doenças como as plantas de jardins, de rua ou florestas. Mas como o bonsai é muito menor, levamos vantagem, pois as pragas serão de fácil controle.
As más condições devido ao excesso de água nas regas, falta de luminosidade ou ventilação adequada,  além de outros fatores  podem trazer problemas. Estes problemas em sua grande maioria não caracterizam perigo de vida para o bonsai se forem logo tratados. O mais sensato é ficarmos sempre atentos, e quando algo estranho acontecer procurar uma solução rapidamente.

Pragas
Entendemos como pragas todos os insetos que são prejudiciais às plantas, tanto na parte orgânica do bonsai como em sua estética. Quase todas as pragas podem ser eliminadas com o uso de inseticidas para plantas ornamentais, que são facilmente encontrados em lojas de jardinagem ou mesmo em supermercados.

Doenças
Em sua grande maioria as doenças nas plantas são ocasionadas por fungos, que são organismos microscópicos que provocam sérias debilitações nas árvores podendo até causar sua morte. Podem acontecer em todas as partes do bonsai: Raízes, Tronco Galhos e/ou Folhas, normalmente se fixando  em apenas uma dessas partes.
A constatação de fungo de folhas pode ser feita visualmente através do aparecimento de manchas ou de deposito sobre as mesmas de um pó branco. Existem muitos tipos de fungos. Podemos adotar como providência inicial a retirada das folhas afetadas, a rega moderada e direcionada na terra evitando-se molhar as folhas e o isolamento da planta. Posteriormente deve-se procurar um especialista para a identificação precisa do tipo de fungo e do defensivo adequado. Os fungos de tronco ou galhos podem provocar rapidamente seu apodrecimento. Sua identificação é feita pela aparência da madeira escurecida,  além de feridas. Os Fungos de Raízes já são mais complicados de se identificar. Normalmente ocasionam perda da coloração das folhas e sua posterior secagem. Devido ao fato de os fungos, na sua grande maioria, apreciarem calor e umidade, a providência inicial é, sem dúvida, a moderação na rega e a procura de um especialista que poderá nos indicar um fungicida especifico.
Alem de fungos, outras enfermidades embora com muito menor freqüência,  provocadas por vírus e bactérias podem ocorrer, sendo de difícil diagnostico por amadores.

Dicas para o combate a pragas e doenças e o uso de defensivos
1 – A aplicação de defensivos deve ser feita no final da tarde quando a temperatura estiver amena e sempre a sombra;
2 – Inspecionar constantemente os bonsai é a melhor forma de se prevenir quanto a surpresas;
3 – Com Jato de esguicho forte, segurando firme no tronco, podemos retirar pulgões dos bonsai e deixar suas folhas sempre limpas;
4 – Para infestações de cochonilhas acrescente uma colher de sopa de detergente na solução de inseticida (1litro);
5 – Antes de aplicar qualquer defensivo regar os bonsai e esperar até que suas folhas sequem;
6 – Não deixe de inspecionar bem as raízes quando for transplantar os bonsai. Se o cheiro for agradável não deve haver problemas.

A Comunicação entre o Cultivador e sua Planta
Um dos maiores prazeres daqueles amam a natureza é contemplá-la bela e saudável. Também é muito agradável quando adubamos uma árvore e ela responde ao tratamento que lhe dispensamos. A melhor maneira de nos comunicarmos com nossas plantas é conhecendo suas necessidades e sabendo como elas reagem aos tratamentos empregados. Procuramos aqui descrever maneiras simples de como as plantas se comunicam conosco, através de sua aparência e reações, e o que podemos fazer para ajudá-las.

Como podemos nos comunicar com os bonsai?
Sintomas – Estou crescendo somente de um lado.
Causas – Provavelmente o sol esta batendo somente de um lado do bonsai.
Providências – Virar o bonsai pelo menos uma vez por semana para que ele possa tomar sol em toda sua volta.

Sintomas – Algumas das folhas estão secas ou amareladas.
Causas – As vezes os vegetais trocam naturalmente suas folhas.
Providências – Retirar as folhas velhas ou muito amarelas.

Sintomas – Alguns dos galhos estão fracos comparados com outros.
Causas – A árvore esta dando prioridade de crescimentos.
Providências – Podar constantemente os galhos fracos para que ramifiquem e se avolumem.

Sintomas – As folhas estão sujas,
Causas – A poeira e a poluição estão se depositando nas folhas.
Providências – Lave seu bonsai com jato de água forte. Alem de limpar você poderá até eliminar alguns insertos nocivos.

Sintomas – As pontas das folhas escurecem e depois de um tempo caem.
Causas – Pouca água na rega.
Providências – Melhorar a qualidade da rega tomando cuidado para molhar toda a terra do vaso. Aumentar a freqüência das regas.

Sintomas – Não consegue produzir flores ou muito poucas.
Causas – Excesso de Nitrogênio na adubação.
Providências – Adube com menos freqüência. Quando o fizer escolha adubos com pouca concentração de nitrogênio. Adubar menos durante o inverno.

Sintomas – Alguns galhos estão crescendo de forma exagerada e as folhas ficam claras e grandes.
Causas – Iluminação deficiente e excesso de nitrogênio,
Providências - Colocar em local onde a incidência de luz solar se faça diretamente sobre as folhas por um período maior.

Sintomas – As folhas ficam amareladas, dobram-se e murcham.
Causas – Excesso de calor.
Providências – Mude o local por um mais ventilado e fresco.

Sintomas – Sobre as folhas existe um pó branco, parecido com sal.
Causas – Acumulo de cálcio e sais, da água da rega, sobre as folhas.
Providências – Limpar as folhas com pano ou algodão embebido em um pouco de óleo vegetal.

Sintomas – As estão saindo pelos buracos de drenagem.
Causas – Vaso pequeno.
Providências – Periodicamente é necessário trocar a terra dos bonsai e podar as raízes. Faça isto no período e na freqüência correta.

Sintomas – As folhas estão furadas, raspadas e com rastros líquidos.
Causas – Ataque de lesmas.
Providências – Retire e mate as lesmas durante a noite. Faça uma armadilha com um copo de cerveja perto do vaso. Elas irão beber e se afogar.

Sintomas – As folhas estão com manchas coloridas pequenas. Elas murcham e morrem depois de um tempo.
Causas – Ataque de Fungos.
Providências – Destrua as folhas infectadas e não molhe as folhas nas regas. Diminua a freqüência das regas e coloque a planta em local bem arejado.

Sintomas – As folhas estão dobrando e minhas flores estão feias. Não estou crescendo.
Causas – Ataque de ácaros.
Providências – Lavar a parte aérea do bonsai com água morna ( Use chuveirinho do Banheiro). Aplicar inseticida adequado. Procure orientação.

Sintomas – Está ficando feio, as folhas apresentam manchas brancas que posteriormente ficam amarelas. Teias de aranha estão entre os galhos.
Causas – Ataques de ácaros vermelhos ou verdes.
Providência – Lavar a parte aérea do bonsai com água morna ( Use chuveirinho do Banheiro). Aplicar inseticida adequado. Procure orientação.

Sintomas - Minhas folhas estão com um liquido pegajoso.
Causas - Este liquido é excremento de insetos. Sinal de infestação.
Providências - Lave a parte aérea do Bonsai com água morna e detergente. enxágüe com água morna. Pulverizar com inseticida.