Além da aplicação na agricultura, principalmente na produção de hortaliças e alguns frutos, a hidroponia também pode ser utilizada no cultivo de flores tanto ornamentais quanto comestíveis. Plantar diretamente no solo é a alternativa mais barata, mas fatores de risco como contaminação do solo, condições climáticas (já que a hidroponia é melhor aplicada em ambientes com luminosidade e temperatura controladas, como em estufas) e pragas podem impedir que algumas regiões possam dedicar-se ao cultivo de flores.
O cultivo de flores hidropônicas precisa ser feito em substratos inertes que suportem tanto o crescimento radicular quanto a posição em que as flores ficarão. Embora algumas espécies de flores suportem o plantio em uma solução de água e nutrientes, o ideal para o desenvolvimento de uma planta visualmente bonita e saudável são os substratos inertes sólidos.
Um dos principais benefícios do cultivo hidropônico de flores é o controle de pragas e fungos, graças à adubação e à nutrição criteriosas que a técnica exige. Graças a essa harmonia, a produção das flores pode ter grande estabilidade.
Os principais substratos inertes existentes são a casca de arroz carbonizada, muito usada na produção de gérberas (Gerbera hybrida); a fibra de coco, para gérberas e rosas (Rosa spp); o saibro – mistura de argila e areia – , para bromélias (Bromeliaceae); lã de rocha, obtida de rochas vulcânicas, para cravos (Dianthus caryophyllus); a brita, para orquídeas (Orchidaceae).
O mais utilizado para uso industrial e que rapidamente vem se difundindo para vasos hidropônicos caseiros é a espuma fenólica, por ser uma material que permite a germinação da semente sem que ela se contamine, além de permitir o perfeito enraizamento e a retenção de água aliada à boa ventilação. É preciso ter cuidado com o pH da espuma; é preciso corrigir a acidez do substrato artificial. Se a placa for fina, basta que se lave em água corrente; se a placa for grossa, usa-se os tradicionais elevadores de pH, diluindo-o em água e deixando a espuma de molho até que o pH fique em torno da neutralidade – 6,5.
