Bonsais são árvores sensíveis, necessitando de cuidado e precisão nas podas, manutenção e replantio. Para melhor conservação do bonsai, ele deve ser replantado em períodos que variam de acordo com a espécie e desenvolvimento de suas raízes.

É difícil ter um ambiente livre de pragas e doenças. Sendo assim, é muito importante tomar medidas preventivas, uma vez que os bonsais são propensos aos ataques de vários patógenos.

Após as podas, deve-se fazer a limpeza do tronco com uma escova, limpando também a sua volta, retirando ervas daninhas e folhas caídas.

Restos de folhas acumuladas ao redor da planta entram em decomposição, formando um meio ótimo para o desenvolvimento de fungos ou bactérias que causam a putrefação das raízes do bonsai, levando a planta à morte.

Os musgos formam um ótimo refúgio para pragas e larvas. Usa-se inseticida para tratar qualquer larva ou inseto que seja encontrado nos musgos. A grama que, às vezes, cresce em volta do bonsai pode ser bonita, mas compete por nutrientes. É interessante manter toda a área do vaso limpa, deixando assim, o solo mais arejado.

Para se retirar ervas daninhas, pode-se utilizar pinça de haste longa.

As doenças são causadas pelos fungos, bactérias e vírus, que eventualmente levam o bonsai à morte. O controle deve ser realizado com a utilização de produtos químicos, os quais se encontram na forma líquida ou em pó, sendo necessário possuir uma bomba para pulverização ou um aparelho que espalhe pó.

Lembrem-se que o bonsai é uma atividade artística que trabalha a sensibilidade humana, promove a criatividade e a interação entre o homem e a natureza, além de ser um ótimo exercício de paciência, perseverança e observação.