Um perfeito bonsai deve ter um tronco com visual envelhecido e uma vigorosa formação de galhos e folhas. Para se obter bons resultados, deve-se fazer intervenções contínuas, tais como podas de formação, limpeza e outros tratos culturais. Existem equipamentos especiais para se fazer a poda e condução de um bonsai, consistindo basicamente de tesouras e facas, com suas variações.

Para se dar forma ao bonsai, são utilizados arames de várias espessuras, os quais são colocados envolvendo os ramos e o tronco. Em seguida, faz-se podas contínuas tanto na parte aérea como nas raízes.

A poda se divide em duas etapas: a poda de formação e a poda de manutenção.

A primeira é realizada no período de estabelecimento do bonsai, que geralmente é de no mínimo um ano. Consiste em retirar os galhos e folhas excedentes, deixando um aspecto de árvore adulta. A poda de manutenção é tão importante para o bonsai quanto à poda de formação, e deve fazer parte do dia-a-dia.

Ela ajuda a dar uma forma particular ao bonsai, além de garantir a sua sobrevivência. A poda, de maneira geral, restringe o  crescimento descontrolado, sendo possível controlar o número e o tamanho dos galhos que iriam permanecer no bonsai.

A apara das folhas deve ser feita principalmente em espécies como castanheira ou carvalho. No inverno, deve-se retirar todas as folhas ou reduzir o seu número para que no verão, sejam substituídas por folhas menores.

A imposição da forma pela utilização de fios metálicos deve ser realizada com habilidade e cuidado. A utilização desses fios é que vai dar formas exóticas e graciosas aos bonsais. Quando se amarrar o bonsai, o arame não pode ficar muito apertado, pois pode deixar marcas no caule e nos galhos. Sendo assim, o fio deve ser retirado e recolocado periodicamente.

Para começar uma poda de formação, deve-se cortar a raiz pivotante e o ápice caulinar; isto forçará a planta a emitir ramos e raízes laterais.

A poda de manutenção consiste em retirar os ramos e raízes excedentes, e também o excesso de folhas. Procedendo-se então, regularmente, a poda de manutenção, pode-se ter a conservação de um bonsai por mais de 200 anos.

Uma consideração importante: deve-se manter os equipamentos de poda e de limpeza sempre limpos e higienizados, para se evitar uma eventual contaminação do bonsai por alguma doença.