Uma árvore em seu desenvolvimento normal necessita de uma considerável quantidade de água, a qual é obtida pelo desenvolvimento em profundidade e extensão das raízes no solo. Um bonsai é similar, necessitando de água frequentemente , principalmente no Verão.

O bonsai necessita de água fresca, livre de elementos físicos e químicos que sejam tóxicos. O ideal é coletar água da chuva, mas esta não é uma prática muito viável, podendo – se utilizar processo de purificação da água.

Deve-se ter um cuidado especial ao se utilizar água clorada, pois o cloro é tóxico para as plantas. É recomendado que se deixe um reservatório onde a água fique em repouso por alguns dias para que o cloro precipite.

Também não ser recomenda água muito fria, pois as plantas podem sofrer um choque térmico. A irrigação pode ser feita por pulverizadores automáticos se houver uma quantidade expressiva de vasos em casa, podendo ser feita por pulverizadores simples em caso de poucos vasos.

Quando o bonsai estiver dentro de casa, a irrigação deve ser feita de acordo com o volume do vaso. É primordial que nunca se deixe os vasos com excesso de água, devendo sempre observar o escoamento desta.

Além da água do solo, as raízes absorvem nutrientes que são vitais para o desenvolvimento das árvores. O vaso onde se desenvolve o bonsai não tem fontes de minerais suficientemente disponíveis, sendo necessário fazer regularmente o fornecimento destes.

Para o bonsai, já é comum utilizar fertilizantes sintéticos, particularmente fertilizantes líquidos. Um fertilizante ideal para o bonsai deve ter em torno de 50% de nitrato, 30% de fosfato e 20% de potássio.

É recomendado que se faça a adubação a cada três estações, e não se deve fazer a fertilização na época do florescimento e frutificação. O fornecimento de nitrato (N) tem como objetivo promover o desenvolvimento das folhas, galhos e o crescimento da planta em geral; o ácido fosfórico (P) promove a formação de raízes e o desenvolvimento de tecidos celulares, além de regular as atividades de reprodução e frutificação, e o potássio (K) estimula a produção de seiva e sua circulação, auxiliando no florescimento e frutificação.