O Bonsai é uma árvore plantada em uma bandeja, cujo desenvolvimento não é interrompido, mas sim controlado e guiado de forma a se obter uma árvore saudável e estilizada. A estrutura física do Bonsai é igual a da árvore na natureza, mas o mecanismo do Bonsai é diferente, e por isso são necessárias técnicas adequadas para se obter às proporções e os objetivos desejados.

Raízes
As raízes das plantas, na natureza, crescem e se desenvolvem de acordo com as necessidades da planta e as condições do terreno, mas no caso do Bonsai, a árvore está confinada em uma bandeja rasa, com dimensões limitadas. A raiz, nessas condições tem seu crescimento restrito e conseqüentemente, o resto da planta tem seu desenvolvimento alterado.
Na natureza, grande parte das raízes serve para fixar a árvore no solo, enquanto nos Bonsai, as raízes de fixação podem ser reduzidas drasticamente. Esta poda de raiz é muito importante, pois promove a renovação da estrutura radicular da planta. Reduzindo-se a massa de raízes mais velhas no vaso, proporciona-se mais espaço para que as raízes novas e vigorosas se desenvolvam. Estas raízes novas e finas têm mais capacidade de absorver a água e os sais minerais, e, conseqüentemente, tornam a planta mais saudável. Na natureza, as árvores velhas apresentam muitas raízes superficiais, por causa da erosão, e no Bonsai este efeito deve ser buscado, expondo-se as raízes mais grossas.

Troncos e galhos
Os troncos e galhos das árvores na natureza têm seu crescimento e desenvolvimento determinado pela necessidade de se tirar o máximo de proveito da luz do sol e para superar outras árvores na competição por este espaço. Seu formato, direção e textura também sofrem influência das forças da natureza, como o vento, a chuva, os raios ou outros danos físicos, causados, por exemplo, por animais. Uma árvore plantada em uma bandeja parecerá apenas um arbusto se não for trabalhada através de diversas técnicas, como a poda e a aramação, para que se consiga o efeito da ação da natureza sobre a árvore.

Folhas
As folhas realizam as mesmas atividades tanto nas árvores plantadas no solo, como nos Bonsai, mas nestes, elas têm que estar localizadas, posicionadas, em quantidade e tamanho necessários para atender tanto a função fisiológica como a estética.
O tamanho, a quantidade, a localização e posição das folhas dependem, entre outros fatores, da água, dos nutrientes e da luz, que devem estar a disposição da planta de forma balanceada. Não há uma regra geral, uma vez que as necessidades variam de acordo com o clima, entre as diferentes espécies e estágio de desenvolvimento da planta. Porém, para se obter folhas menores, pode-se alterar a quantidade e freqüência da rega, da adubação e a exposição à luz. Para se obter os resultados pretendidos, também se usam a poda de folhas, ramos e galhos. A desfolha é uma técnica usada para se conseguir folhas menores e para controlar a grossura dos galhos.
As folhas refletem o estado de saúde da árvore. Quando estão inteiras, viçosas, se desenvolvendo bem, é sinal de que a planta, normalmente, está em boas condições, mas, no caso de apresentarem defeitos, manchas ou outros sinais, indica que algum problema pode estar acontecendo. Nas árvores de folhas caducas estes sintomas se apresentam rapidamente, enquanto na coníferas, demoram um pouco mais.

Flores, frutos e sementes
Assim como nas árvores plantadas no solo, podemos utilizar esta forma de reprodução para conseguir novas plantas, principalmente no caso de plantas difíceis de encontrar ou reproduzir de outra forma. Mas no Bonsai a principal função é estética. Deve-se controlar, através da poda, a quantidade e a localização, lembrando que uma quantidade muito grande pode sobrecarregar a planta.